Pada hari Ahad tanggal 1 Nopember 2009 bertempat di Selorejo Malang, dzurriyah Bani Khasbullah menyelenggarakan Musyawarah Besar (Mubes) untuk memilih ketua Yayasan Pondok Pesantren Bahrul Ulum (disingkat YPPBU) dan Yayasan Universitas Bahrul Ulum (disingkat YUNIBA), musyawarah memutuskan pengangkatan KH. Moh. Hasib Wahab menjadi ketua Majelis Pengasuh (Pembina) YPPBU dan YUNIBA, KH. Rokib Wahab menjadi ketua Pengawas YPPBU dan YUNIBA, KH. M. Irfan Sholeh menjadi ketua YPPBU dan Ibu Nyai Hj. Khizbiyah Rochim, MA menjadi ketua UNIBA.

    Setelah menjadi ketua UNIBA Ibu Nyai Hj. Khizbiyah Rohim, MA dengan anggota UNIBA lainnya mengadakan musyawarah kerja (musker) untuk menyusun AD/ART UNIBA dan program-program UNIBA. Musker kemudian menghasilkan keputusan penting yaitu: Pertama, pengesahan AD/ART UNIBA. Kedua, perubahan nama YUNIBA menjadi Yayasan Pendidikan Tinggi Bahrul Ulum (YPTBU). Ketiga, merealisasikan cita-cita KH. Wahab Chasbullah yaitu mendirikan Universitas di Bahrul Ulum. 
Untuk merubah nama yayasan ditunjuk Ibu Umi Chaidrah, SH, MHI untuk mendaftakan ke notaris Masruchin, SH, M.Hum di Jombang hingga akhirnya nama UNIBA berubah menjadi YPTBU dengan notaris Masruchin, SH, M.Hum Nomor: 13 tanggal 15 Nopember 2010.

    Untuk pendirian universitas dibentuklah tim pendirian universitas dengan SK YPTBU nomor: 04/VI/UNIBA/SK/V/2010 yang anggotanya terdiri darei terdiri dari Hj. Khizbiyah Rohim, MA (Penanggungjawab) Bapak Drs. H. Ach. Hasan, MPdI (ketua), Ali Priyono R. S.Ag, M.Pd.I (sekretaris), Umi Chaidaroh, SH, MHI, Drs. H. Fakhlulloh, M.Pd.I, Muhyiddin Zainul A, SH, MM, Fatin Fadhilah, SE, MSi, Ir,. Noer Hadi Sudjoni, MBA, Ali Muttaqin, M.PdI (anggota). Setelah Tim pendirian universitas musyawarah dengan Majelis Pengasuh, pengurus YPTBU kemudian diputuskanlah nama KH. Abd. Wahab Chasbullah menjadi nama universitas dengan pilihan singkatan UNWAH, UNWAHA dan UNIWA, kemudian berdasarkan masukan dan hasil istikharah dari beberapa kyai kemudian nama UNWAHA yang dijadikan singkatan. Selain nama universitas juga ditunjuk Bapak Prof. Dr. H. Ismail Nawawi, MSI menjadi calon rektor universitas, meskipun tim telah bekerja keras namun belum membawa hasil karena sulitnya mendapatkan ijazah dosen S2 dari prodi-prodi yang akan dibuka.

    Untuk melanjutkan program pendirian universitas maka kemudian dibentuklah tim yang baru berdasarkan SK YPTBU nomor: 41/IV/YPT-BU/SK/I/2013 yang anggotanya terdiri dari Hj. Khizbiyah Rohim, MA (Penanggungjawab) Bapak Drs. KH. Abd. Kholiq SH, S.Pd, M.,Si (ketua) Ali Priyono R, SAg, M.Pd.I (sekretaris), Dr. H. Abd.Kholid, MAg, Drs. H. Fakhlulloh, M.Pd.I, H. Muhyiddin Zainul A, MM, Ali Muttaqin, S.Ag, MPdI (anggota). Tim kemudian mempersiapkan syarat-syarat yang diperlukan bagi pendirian universitas (ijazah S2, F5 dan cash Flow) dan menyerahkan ke DIKTI Kemendikbud. Berdasarkan rapat dengan pengurus YPTBU tim menunjuk Bapak Dr. H. Anton Muhibuddin, SP, MP untuk menjadi calon rektor UNWAHA.

    Dengan rahmat dan maunah dari Allah SWT akhirnya pada hari Jumat 30 Agustus 2013 pengurus YPTBU (KH. Drs. Moh Hasib Wahab, Ibu Nyai Hj. Hizbiyah Rochim, MA., Dr. H. Abd. Kholid, MAg, H. Muhyiddin, ZA, SH, MM dan Ali Priyono R, S.Ag, M.Pd.I) menerima SK operasional UNWAHA yang diserahkan langsung oleh Dirjen DIKTI (Prof. Dr. Djoko Santoso) di Jakarta dengan nomor 308/E/O/2013 dengan prodi: 1. Teknik Informatika, 2. Sistem Informasi, 3. Agrobisnis, 4. Agroekoteknologi, 5. Teknologi Hasil Pertanian, 6. Teknik Pertanian, 7. Pendidikan Fisika, 8. Pendidikan Biologi, 9. Pendidikan Bahasa Inggris, 10. Pendidikan Matematika dan 11. Manajemen.